Sau quá trình tu học dài hạn tại các cơ sở chủng viện theo quy định của Giáo luật, ngày 14 tháng 12 năm 1985, Phó tế da Rocha, 26 tuổi, tiến đến việc được truyền chức linh mục. Nghi thức truyền chức được cử hành bởi Giám mục Constantino Amstalden, Giám mục Phó Giáo phận São Carlos tại Matão, giáo phận São Carlos.[5] Tân linh mục cũng là thành viên linh mục đoàn giáo phận São Carlos, có địa phận tại Sao Paulo.[5]

Trong thời gian làm linh mục, linh mục da Rocha đảm nhận nhiều nhiệm vụ khác nhau: linh mục chính xứ giáo xứ Água Vermelha và điều phối viên mục vụ mgiới trẻ giáo phận São Carlos trong hai năm đầu tiên sau khi được truyền chức linh mục 1985 và 1986. Sau hai năm đầu tiên, linh mục Sérgio da Rocha được thuyên chuyển làm giáo sư triết học tại chủng viện giáo phận và giám đốc linh hướng của Viện Thần học Campinas trong hai năm sau đó (1986-1987) và đảm nhiệm nhiệm vụ này trong năm 1991.[4]

Sau các nhiệm vụ ngắn ngủi hai năm, trong hai năm tiếp theo, ông đảm nhận vai trò Giám đốc Chủng viện Triết học São Carlos trong hai năm 1987, 1988 và đảm nhiệm nhiệm vụ này thêm trong năm 1990. Song song và xen lẫn với nhiệm vụ trên, ông còn là điều phối viên giáo phận về ơn gọi trong hai năm 1987 và 1989. Linh mục da Rocha lại đảm nhiệm một nhiệm vụ ngắn ngủi khác trong hai năm, đó là làm linh mục chính xứ giáo xứ São Carlos (1988-1989) trước khi đến giáo xứ Nossa Senhora de Fátima ở São Carlos làm linh mục chính xứ trong năm 1990.[4]

Năm 1991, ông là điều phối viên giáo phận của mục vụ mục vụ và giám đốc của Nhà nguyện São Judas Tadeu ở São Carlo. Linh mục da Rocha cuối cùng cũng ổn định nhiệm sở với việc đảm nhận vai trò giáo sư thần học luân lý tại PUC của Campinas và Giám đốc Chủng viện thần học giáo phận trong khoảng thời gian từ năm 1997 đến năm 2001.[4]

Ngoài các chức danh kể trên, ông còn là thành viên thành lập nhóm các phó tế vĩnh viễn và là thành viên của Hội đồng giám mục và Hội đồng tư vấn.[4]